Dcm4cheeUbuntu

Alcuni passaggi descritti di seguito sono datati, per esempio il download di Oracle Java e il link da cui scaricare le librerie jai-imageio

Come installare dcm4chee su Ubuntu

AVVISO: forse questo articolo non è indirizzato ad un grande numero di lettori di questa rivista, dato che descriverò l'installazione di un software di nicchia avente a che fare con il mondo medico e ospedaliero.

Non è un software che userete a casa, dato che nessuno ha un'apparecchiatura PET (Tomografia ad emissione di positroni) installata in casa propria, vero?

Forse mi sbaglio, ma a leggere riviste come questa, ho l'impressione che Ubuntu, Linux e il software Free e Opensource in generale venga percepito dalla maggior parte delle persone comuni come qualcosa utile o avente a che fare con:

• un hobby per appassionati, patiti dei computer e roba per sviluppatori;
• un modo gratuito e legale di usare il PC per i propri interessi e passatempi di ogni giorno (un'alternativa a Windows e al software a pagamento):
  • multimedia e divertimento: giochi, editing di immagini e riproduzione di filmati
  • gestione delle proprie finanze casalinghe
  • software per ufficio
• e nel mondo professionale sembra qualcosa strettamente legato all'informatica in sé, come qualcosa fatto da programmatori per altri programmatori o informatici in generale:
  • strumenti di rete
  • server web e roba ad esso legata
  • linguaggi di programmazione e tool per lo sviluppo
  • qualsiasi cosa relativa all'Information Technology, all'informatica, alle reti e così via
  • e infine, qualcosa avente a che fare con il mondo del business

Ma ci sono altri aspetti di Linux e della galassia FOSS: il mondo reale, le cose serie. Per esempio le applicazioni per l'ambiente ospedaliero, come accennato sopra.

Così, in questo articolo spiegherò come installare Dcm4chee su Ubuntu. Forse, come ho detto prima, nessun lettore di questa rivista avrà mai la necessità o le conoscenze per installare e comprendere l'utilizzo di questo software, ma se siete studenti, o se conoscete un dentista o uno studio radiologico, magari potreste avere un'ispirazione sapendo dell'esistenza di questo software.

DICOM e il PACS

Il DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine) “è uno standard per la manipolazione, il salvataggio, la stampa e la trasmissione di informazioni relative alle immagini mediche”.

Il PACS (Picture Archiving and Communication System) è una tecnologia per le immagini medicali che permette il salvataggio e l'accesso alle immagini prodotte da più modalità.

Una modalità è una macchina sorgente da dove vengono acquisite le immagini dei pazienti, per esempio una macchina per i raggi X o uno scanner a risonanza magnetica. Alcuni altri attori di un PACS sono: i server, lo storage (NAS, SAN, nastri), le stampanti, i visualizzatori, i robot per la produzione di CD e DVD, ecc.

dcm4chee

Dcm4chee è un archiviatore e gestore di immagini DICOM, ovvero la parte server di un sistema PACS, il server dove le immagini mediche (raggi X, ecografie, risonanze magnetiche, ecc.) verranno salvate, e da dove un radiologo recupererà il vostro esame per fare una diagnosi e produrre un referto.

“L'applicazione contiene servizi e interfacce DICOM e HL7, che sono richieste per fornire ad un ambiente ospedaliero capacità di storage, recupero e per il flusso di lavoro”. E' scritto in Java ed è pacchettizzato e distribuito all'interno dell'application server Jboss. E' open source ed è stato rilasciato sotto una tripla licenza MPL/GPL/LGPL. Orbitanti intorno al solito progetto ci sono dei tool DICOM, che vanno sotto il nome di dcm4che toolkit, forniti dalla solita comunità di sviluppatori, e ci sono anche visualizzatori di immagini DICOM, come Mayam, Oviyam e Weasis.

Se avete bisogno di aiuto e assistenza c'è un Google group dove una vibrante ed amichevole comunità sarà pronta a darvi qualche indicazione. Dall'altro lato il wiki è un po' carente nella documentazione ed alcune pagine sono obsolete o incomplete.

Installiamolo

Anche se qualche persona di buona volontà ha pacchettizzato dcm4che nel formato “.deb”, e nonostante io sia un amante dei sistemi di gestione dei pacchetti, in questo caso mi sento più a mio agio se installo questo software a mano.

Quindi vediamo come installare dcm4chee su Ubuntu server 14.04 LTS.

Prima di tutto dobbiamo installare Java. Non sono sicuro che dcm4chee funzioni con OpenJDK. E non sono sicuro che funzioni con Java 1.7, quindi installiamo Oracle Java 1.6, utilizzando un repository PPA.

 sudo apt-get install software-properties-common 
 sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/java 
 sudo apt-get update 
 sudo apt-get install oracle-java6-installer

Dobbiamo accettare la licenza, e andare avanti.

dcm4chee ha bisogno di un database: Postgres, DB2, Oracle, MySQL, ecc. Se lo volete usare senza un database relazionale, potete optare per HSQL, ma installiamo MySQL.

 sudo apt-get install mysql-server

Ora dobbiamo creare uno schema e dare tutti i diritti ad un utente.

 $ mysql -uroot -p***** 
 mysql> create schema pacsdb; 
 mysql> grant all on pacsdb.* to pacs@localhost identified by 'pacs'; 
 mysql> flush privileges; 
 mysql> \q

Adesso dobbiamo scaricare i file zippati di Jboss e dcm4chee. Scaricate Jboss 4.2.3.GA (non usate una versione più nuova!) dal link http://sourceforge.net/projects/jboss/files/JBoss/JBoss-4.2.3.GA/jboss-4.2.3.GA-jdk6.zip/download

Scaricate l'ultima versione di dcm4chee-mysql, la 2.18.0 al momento della scrittura dell'articolo, da http://sourceforge.net/projects/dcm4che/files/dcm4chee/

Mettete i file zip in una cartella temporanea, tipo /var/tmp/dcminstall e decomprimeteli

 sudo apt-get install unzip
 unzip dcm4chee-2.18.0-mysql.zip 
 unzip jboss-4.2.3.GA-jdk6.zip

Dato che siamo su un sistema a 64 bit, e il pacchetto dcm4chee contiene una versione a 32 bit delle librerie di compressione, dobbiamo scaricare gli opportuni Java Advanced Imaging Image I/O Tools per Linux a 64 bit dal sito http://download.java.net/media/jai-imageio/builds/release/1.1/ e sostituire la versione Linux della libreria libclib_jiio.so

 wget http://download.java.net/media/jai-imageio/builds/release/1.1/jai_imageio-1_1-lib-linux-amd64.tar.gz
 tar xzvf jai_imageio-1_1-lib-linux-amd64.tar.gz 
 cp /var/tmp/install/jai_imageio-1_1/lib/libclib_jiio.so /var/tmp/install/dcm4chee-2.18.0-mysql/bin/native/libclib_jiio.so

Adesso dobbiamo copiare i file da JBoss a Dcm4chee

 cd /var/tmp/install/dcm4chee-2.18.0-mysql/bin/
 ./install_jboss.sh /var/tmp/install/jboss-4.2.3.GA

A questo punto dobbiamo importare il file SQL fornito, così da creare le tabelle e gli indici del database:

 cd /var/tmp/install/dcm4chee-2.18.0-mysql/sql/
 mysql -upacs -ppacs pacsdb < create.mysql

E ora dobbiamo spostare la directory di dcm4chee in un posto definitivo, tipo

/opt

, quindi sarà utile creare un link simbolico (così, nel caso di un aggiornamento, non dovremo modificare gli script e nessun altra cosa che punti alla directory di dcm4chee):

 cd /
 sudo mv /var/tmp/install/dcm4chee-2.18.0-mysql/ /opt/
 sudo ln -s /opt/dcm4chee-2.18.0-mysql /opt/dcm4chee

È buona cosa creare un utente dcm4chee e cambiare il proprietario della directory di installazione.

 useradd dcm4chee
 chown -R dcm4chee /opt/dcm4chee-2.18.0-mysql

Adesso possiamo provare a lanciare il servizio dcm4chee in foreground:

 su - dcm4chee -c /opt/dcm4chee/bin/run.sh 

Utilizzando un browser web, colleghiamoci a http://yourubuntuserver:8080/dcm4chee-web3

L'utente di default è admin e la password è admin.

Per apportare modifiche alla configurazione di default, dobbiamo usare la console JMX di JBoss che troviamo all'URL http://yourubuntuserver:8080/jmx-console/, e questo lavoro può risultare spaventoso, dato che non ci sono manuali che forniscano informazioni passo passo per la configurazione: dovrete spulciare nel wiki e nel vecchio forum, oppure, come detto prima, potete chiedere aiuto nella mailing list.

Ulteriori informazioni

• wiki: http://www.dcm4che.org/confluence/display/proj/The+Project
• mailing list: https://groups.google.com/forum/m/?hl=en#!for
• forum read only: http://forums.dcm4che.org

Questo articolo è apparso per la prima volta su Full Circle Magazine #89